19 сентября СПС и "Яблоко" договорились о разведении своих кандидатов по 6 одномандатным округам Санкт-Петербурга и Московской области. Этому предшествовала довольно жесткая полемика в ходе визита в Санкт-Петербург лидеров обеих партий.
Посетивший Северную столицу 13 сентября сопредседатель СПС Анатолий Чубайс назвал ситуацию в 209-м округе (где, по состоянию на тот день, свои кандидаты были и у СПС, и у "Яблока") "одним из прямых отвратительных следствий того, что "Яблоку" и СПС не удалось договориться". Выдвижение Ирины Хакамады в этом округе является для СПС "ключевым политическим проектом с моральной составляющей". Ввиду того, что в округе собирается баллотироваться от ПВР-РПЖ Геннадий Селезнев (он пока что лидирует в опросах), выставление в округе двух демократических кандидатов гарантированно обеспечивает победу спикеру Госдумы.
Чубайс по-прежнему не исключил объединения двух партий, но предположил, что это может произойти лишь после подведения итогов думских выборов, когда будет определен "удельный вес" каждой из партий. Если объединение не состоится, уточнил Чубайс, в послепутинской России выживет только одна из партий: либо СПС, либо "Яблоко", в худшем случае – исчезнут обе. При этом сопредседатель СПС указал на общие программные моменты у партий-конкурентов.
Очевидно, что уже тогда между партиями шел активный переговорный процесс и выдвижение по округам “яблочников” правых кандидатов (и наоборот) преследовало только интересы торга.
18 сентября СПС сделал шаг навстречу "Яблоку", сняв решением федерального политсовета с одномандатных округов следующих кандидатов СПС: Петра Мостового (212-й округ Санкт-Петербурга), Никиту Кузнецову (194-й округ Москвы), Валерия Хомякова (192-й округ Москвы). Решение должно было вступить в силу только с момента аналогичного решения партии «Яблоко». Также на политсовете была подтверждена поддержка кандидатов СПС Ирины Хакамады, Григория Томчина и Бориса Надеждина. Тем самым, "Яблоку" дали понять, что именно эти округа являются для СПС приоритетными. Показывая, что СПС в любом случае не отступит по ряду округов, Ирина Хакамада поторопилась зарегистрироваться в округе 209, став первым кандидатом, представившим документы в ОИК.
К вечеру 19 сентября стало ясно, что компромисс достигнут, и "Яблоко" отозвало своих кандидатов в депутаты Госдумы по округам 207 и 209 в Санкт-Петербурге и 109 в Московской области.