Городской суд отклонил кассацию прокуратуры на постановление Октябрьского районного суда о прекращении уголовного дела и уголовного преследования депутата ЗС Петербурга Алексей Ковалева за незаконное привлечение депутата к уголовной ответственности. В мотивировочной части решения было сказано о том, что в ходе уголовного преследования прокуратура не учла положения части 2 пункта 5 постановления Конституционного суда N9-П. Иными словами, тогдашний прокурор Петербурга Иван Сыдорук при возбуждении уголовного дела в отношении депутата ЗС должен был направить представление в представительный орган Петербурга, что не было сделано.
Ковалеву были предъявлены обвинения в мошенничестве в особо крупных размерах, в незаконной предпринимательской деятельности и в подделке документов.
По словам тогдашнего прокурора Ивана Сыдорука, следствием было установлено, что весной 1996 года в своем служебном кабинете в Мариинском дворце Ковалев вступил в преступный сговор со своими помощниками Лебедевым и Козевым с целью хищения бюджетных средств, выделяемых на ремонт и реставрацию памятников истории и культуры Санкт-Петербурга. В результате была создана преступная группа в составе Ковалева, Лебедева, Козева, руководителя ЗАО "Подземпроект" Шадрина, генерального директора Главзапспецстроя Юдина и др., которыми была разработана схема обналичивания бюджетных денег с организацией подставных фирм. Общая сумма похищенных средств составила более 2 млн. рублей.
Уголовное дело против депутата Алексея Ковалева было возбуждено еще в октябре 1998 г., однако на тот момент не было получено согласие собрания на привлечение депутата к ответственности. Дело было выделено в отдельное производство и приостановлено. Изучив материалы, содержащие доказательства вины Ковалева, учитывая, что в соответствии с определением Верховного суда РФ депутатская неприкосновенность не распространяется на депутатов субъектов РФ, прокуратура дважды (20 февраля и 4 марта) направляла в адрес депутата повестки. Однако Ковалев в прокуратуру для дачи показаний не явился. 23 апреля 2002 года следователь вынес постановление о задержании депутата. В тот же день Ковалев был арестован, ему было предъявлено обвинение.