Руководитель Федерального агентства по культуре и кинематографии Михаил Швыдкой и начальник Управления культурного наследия, художественного образования и науки Анна Колупаева представили коллективу музея истории религии нового директора. Им стал уволенный осенью прошлого года с поста директора Государственного музея истории Санкт-Петербурга в Петропавловской крепости Борис Аракчеев. Таким образом, подтвердились слухи о том, что Михаил Швыдкой найдет Борису Аракчееву новое место работы, которые начали циркулировать сразу после увольнения последнего из "Петропавловки". Тот факт, что этим местом оказался другой петербургский музей, правда, находящийся в федеральном подчинении, вызывает определенные вопросы, поскольку уход Бориса Аракчеева из ГМИ сопровождался скандалом.
В частности Борис Аракчеев собирался судиться с петербургским комитетом по культуре, однако в последствие забрал из Куйбышевского федерального суда Центрального района иск о незаконном увольнении. Известно, что его увольнению предшествовал конфликт с руководством комитета по культуре и, по некоторым данным, с профильным вице-губернатором Сергеем Тарасовым. Кроме того, у Бориса Аракчеева были сложные взаимоотношения с трудовым коллективом, что стало формальной причиной увольнения. Однако, исходя из имеющейся информации, сделать однозначный вывод о подоплеке этого конфликта, равно как и о причинах увольнения не представляется возможным.
Отстранению Аракчеева от должности предшествовала проверка Контрольно-Счетной палаты Петербурга, в ходе которой были обнаружены финансовые нарушения, допущенные руководством музея (в частности, неправомерное использование государственной собственности, недоперечисление в бюджет города доходов от предпринимательской и пр. деятельности). Однако неизвестно, явилась ли она следствием или причиной конфликта.